巴塔哥尼亞沙漠位於南美洲南部的阿根廷，在安第斯山脈的東側，面積約67萬平方公里。巴塔哥尼亞一般是指南美洲安地斯山以東，科羅拉多河以南的地區，主要位在阿根廷境內，小部分則屬於智利。 該地區的地形主要是高原以及窄小的海岸平原，各河流發源於安地斯山，向東流入大西洋，切割成河谷，但因當地雨量不多，河流大多屬於間歇河，南部有許多冰河地形如峽灣等。巴塔哥尼亞受福克蘭寒流的影響，氣候寒冷乾燥，年雨量在90-450毫米之間，年均溫在6-20度，愈往南部更寒冷且雨量愈少，大多地區形成荒漠，被稱作巴塔哥尼亞沙漠。 巴塔哥尼亞地區幾乎包括阿根廷本土南部的所有土地，面積約673,000平方公里(260,000平方哩)，由廣闊的草原和沙漠組成，從南緯 37°伸展到南緯51°。其邊界大約西抵巴塔哥尼亞安地斯山脈， ​​北濱科羅拉多河，東臨大西洋，南瀕麥哲倫海 ​​峽；海峽南面的火地島分別隸屬於阿根廷和智利，通常也畫入巴塔哥尼亞的範圍內。