化學性污染主要是指農用化學物質、食品添加劑、食品包裝容器和工業廢棄物的污染，汞、鎘、鉛、氰化物、有機磷及其他有機或無機化合物等所造成的污染。 食品原料成長與加工過程中，環境中有毒有害物質超過標準；使用農藥；採用聚乙烯（PE）和聚丙烯（PP）的塑料製品作為食物包裝袋；食品中添加防腐劑、甜味劑、著色劑等；一些工廠（如農藥廠）不合理排放污水等。